Masaru, siswa tahun kedua SMP dan pejuang jalanan yang tak terkalahkan, akan mempelajari arti kata “kerja tim.” Setelah Agumon lolos dari DATS, sebuah organisasi yang berurusan dengan Digimon, Agumon berakhir dalam pertarungan dengan Masaru. Segera Yoshino dan Lalamon datang untuk menangkap Agumon, dan dua pejuang melarikan diri. Setelah Digimon jahat muncul, terserah Masaru dan Agumon untuk mengalahkannya dengan DNA Charge mereka.
Segera, Masaru harus bergabung dengan DATS untuk mengakhiri Digimon yang datang ke Bumi. Dengan bantuan Yoshino, Ikuto, dan Touma, grup tersebut harus menghentikan Digimon jahat apa pun yang muncul, dan mengembalikan mereka ke Dunia Digital.
Tapi tidak semuanya berjalan seperti yang direncanakan …
